A metodologia de ensino implica que a aprendizagem seja feita a partir de experiências em situações simuladas, habitualmente a partir de jogos de jogos de tabuleiro, em que se colocam problemas a resolver e em que se activam experiências emocionais.
Depois da sua resolução com sucesso, segue-se um período de reflexão, para compreensão dos processos envolvidos e gestão das emoções. Finalmente, analisam-se a aplicação destes processos a outras situações, fazendo a generalização para o ambiente escolar ou para outras situações da vida real.
As lições e as actividades dos Programas Mente Activa apresentam desafios cognitivos e emocionais a partir de jogos. A resolução com sucesso destes problemas promove a sensação de auto-eficácia, auto-estima e competência pessoal.